Para pendiri (the founding fathers) Republik Indonesia telah mengamanatkan dalam Undang-Undang Dasar 1945 agar bumi, air dan sumberdaya alam yang terkandung di dalamnya digunakan untuk sebesar-besarnya kemakmuran rakyat Indonesia.  Sejak Indonesia merdeka, bahkan jauh sebelumnya, karunia sumberdaya alam tersebut telah dieksploitasi, namun kemakmuran masyarakat dan bangsa Indonesia masih jauh dari yang diharapankan.

Kondisi ini telah menimbulkan suatu paradoks, yaitu kemiskinan yang begitu parah di tengah kelimpahan sumberdaya alam. Paradoks tersebut mengindikasikan adanya kesalahan dalam pola pemanfaatan dan pengelolaan sumberdaya alam.

Masalah pemanfaatan dan pengelolaan sumberdaya alam sudah sejak lama disadari oleh pemikir pemikir terdahulu. Malthus (1798) telah menulis pandangannya mengenai kelangkaan dan keterbatasan sumberdaya alam untuk memenuhi kebutuhan manusia yang semakin meningkat.

Ricardo (1817) mengemukakan bahwa rente lahan, yang pada saat itu merupakan sumberdaya alam yang utama, merupakan nilai tersendiri. Hal ini berbeda dengan pendapat Adam Smith (1776) sebelumnya yang berpandangan bahwa rente lahan adalah salah satu penentu harga produk lahan.

Selanjutnya Mill (1848) mengemukakan proposisi bahwa kemajuan peradaban (progress of civilization) akan dapat mengurangi keterbatasan sumberdaya alam dalam memenuhi kebutuhan manusia.

Masalah keterbatasan pertumbuhan populasi sumberdaya alam pulih (renewables) juga kembali mengemuka sesudah Verhulz (1878) memperkenalkan persamaan logistik species tunggal. Persamaan logistik tersebut kemudian menjadi salah satu dasar pengembangan ekonomi sumberdaya alam pulih biologis.

Tantangan baru kemudian muncul dengan timbul dan meningkatnya penggunaan dan pengelolaan sumberdaya alam tidak pulih (non-renewables). Gray (1914) dan Hotelling (1931) mulai membahas keuntungan perusahaan dan manfaat sosial dari ekstraksi sumberdaya alam tidak pulih secara intertemporal.

Pemikiran pemikiran tersebut selanjutnya terus berkembang menjadi satu cabang ilmu yang disebut ilmu ekonomi sumberdaya alam dan lingkungan yang membahas dan mendalami semua aspek ekonomi penggunaan dan pengelolaan sumberdaya alam pulih dan tidak pulih serta akibat akibat eksternalitas dari kegiatannya.

Semakin berkembangnya bidang ilmu ini dan semakin mendesaknya kebutuhan akan bidang keahliannya, dan juga sejalan dengan program restrukturisasi di IPB, maka pada tahun 2006 dibentuk Departemen Ekonomi Sumberdaya Alam dan Lingkungan (Department of Resource and Environmental Economics) di bawah Fakultas Ekonomi dan Manajemen (FEM) IPB.

Para staf pengajar dan peneliti dari berbagai fakultas yang sebelumnya telah mempelajari dan mendalami bidang ilmu ekonomi sumberdaya alam dan lingkungan bergabung didalamnya. Departemen ESL merupakan departemen pertama, dan hingga saat ini satu-satunya di Indonesia yang secara khusus mempelajari ilmu ekonomi terkait dengan permasalahan pengelolaan sumberdaya alam dan lingkungan.

Minat dan permintaan masyarakat pengguna yang demikian besar terhadap bidang ilmu ini memantapkan  departemen untuk membuka program magister (S2) pada tahun 2007. Keputusan departemen ini didasarkan atas dua hal, yaitu banyaknya peminat program S2 ESL di satu sisi, dan ketersediaan serta kesiapan sumberdaya manusia di departemen ESL yang telah lebih dari memadai, disisi lain. Untuk itu, Departemen ESL membuka dan menawarkan program S2 bidang Ekonomi Sumberdaya dan Lingkungan pertama kali pada tahun ajaran 2007/2008 berdasarkan SK.Rektor IPB No.027/K13/PP/2007 tanggal 22 Maret 2007.